Después de su creación, la Orden Cisterciense experimentó un crecimiento tan extraordinario que en el plazo un siglo contaba con un gran número de monasterios extendidos por toda Europa. Pero, inevitablemente, comenzó a experimentar las normales alternancias entre periodos de gran fervor y fidelidad al carisma original y otros de menor vitalidad. Esto hizo necesario emprender unas vigorosas reformas, a fin de revitalizar el espíritu original de la Orden. El Capitulo general se reunía anualmente para examinar los progresos de las diferentes comunidades y garantizar la integridad de la vida cisterciense y la uniformidad en la observancia de las distintas fundaciones.
También hubo varios Papas que se interesaron personalmente en el progreso espiritual de la Oren, y dos de ellos llegaron a promulgar sendas bulas papales en las que apoyando las reformas en determinados aspectos: la Parvus Fons,promulgada en 1265 por el Papa Clemente IV, regulaba el gobierno de la orden, mientras que la Fulgens sicut stella, promulgada a mediados del siglo 14 por el papa Benedicto XII (que era cisterciense) se refería al manejo de los medios económicos y a los estudios. Los Capítulos Generales tuvieron que asumir la responsabilidad de llevar a la práctica estas reformas.
Pero, debido a la guerra de los cien años (1335-1435) los Capítulos Generales tuvieron que suspenderse durante todo un siglo y durante el Cisma de Occidente (1378-1417) los mismos monasterios se vieron divididos en su obediencia a los Papas rivales. Cuando la guerra y el cisma terminaron el Capitulo se esforzó en conseguir la comunicación mas extensa posible en busca de la reforma, por medio de visitas regulares. Se prestó una especial atención al Norte de Europa y a la península Ibérica. En España, Martin de Vargas estableció un plan para volver a una observancia mas austera y para llevarlo a la práctica fundo la primer congregación Cisterciense; la Congregación de Castilla (1425). El Capitulo General también llegó hasta comunidades del Este de Europa, Inglaterra, Bégica y Flandes.
En 1494, Jean de Cirey, Abad de Citeaux, concibió con gran valor por su parte un plan para reactivar la observancia monástica, muy debilitada por la guerra, el sistema de encomiendas (según el cual, era el Rey quien se encargaba de designar al abad o abadesa de un monasterio), y un mal gobierno general. La codificación de este plan se conoció como Los Artículos de Paris. Además, como consecuencia de la división del mundo cristiano que siguió a la Reforma Protestante y del crecimiento de los nacionalismos, los monasterios de la Orden se fueron dividiendo gradualmente en grupos nacionales. Las congregaciones que fueron naciendo en varias regiones hacia la primera mitad de los años 1440 recuperaron un firme deseo de recrear dentro de ellas el espíritu Cisterciense, pero fueron desapareciendo durante la primera mitad del siglo 19. Estas Congregaciones tuvieron que adecuar su propio estilo de vida a los movimientos reformistas del momento.
Durante el periodo de las Congregaciones todos nuestros monasterios experimentaron grades cambios, que dejaron. profundas huellas de crecimiento en la vida espiritual, intelectual y comunitaria.
Relacion de la principales Congregaciones Cistercienses
- 1425 Martin V: Congregación de Castila
- 1497 Alexander: Congregación de San. Bernardo en Italia
En vísperas del Concilio de Trento:
- 1567 Pius V: Congregación de Portugal
- 1616 Paul V: Congregación de la Corona de Aragon
- 1623 Gregory XV: Congregación Romana
- 1623 Urban VIII: Congregación de la Alta Alemania
- 1806 Pius VII: Congregación Helvetica
- 1894 Leo XIII: Congregación Suizo Alemana